AG Jones - Computergestützte Virologie, Entdeckung neuartiger Viren, Palaeovirologie, Virusökologie, Computergestützte Virusdiagnostik

Unser Ziel ist es, computergestützte Methoden in der Virologie alltäglich zu machen. Ein guter Vergleich ist die Entwicklung der ersten Mikroskope: die Welt der Mikroben und Einzeller war unbekannt und unerwartet, bevor im 17. Jahrhundert das Mikroskop erfunden wurde. Das Mikroskop machte uns die Welt der Mikroben und Einzeller zugänglich, aber die Verfügbarkeit und technischen Kenntnisse entwickelten sich nur langsam. Dadurch, dass Sequenzieren wie auch Computerleistung billiger und einfacher verfügbar geworden sind, sind wir in der Virologie heute in einer ähnlichen Situation. Computer-Algorithmen können als eine Art Datenmikroskop verwendet werden. Die verfügbaren Datenmengen übersteigen die Anzahl Personen mit Programmierkentnissen, die in der Biologie arbeiten, bei weitem. Wir erwarten, dass die Virologen der Zukunft sowohl fundierte Labor- wie auch Programmierkenntnisse haben werden. Unsere Gruppe ist fokussiert darauf, die Anwendung von computergestützten Methoden in der Virologie und dem Institut für Virologie, voranzutreiben.

Unser Forschungsschwerpunkt ist die Suche nach Viren in Next-Generation Sequenzdaten. Wir fanden das Hepatitis B Virus und das Parvovirus B19 in alten Sequenzdaten von Menschen, die vor Jahrtausenden in Eurasien gelebt haben. Wir sequenzieren und analysieren die Sammlung von Proben, die Forscher des Instituts für Virologie und deren Partner in über 15 Jahren zusammengetragen haben, sowie Patientenproben von der Charité - Universitätsmedizin Berlin, in Zusammenarbeit mit Labor Berlin. Zudem arbeiten wir am Design und der Programmierung eines Algorithmuses zur Virenidentifikation basierend auf Protein-Sekundärstrukturen. Dies sollte es uns in Zukunft ermöglichen, Viren zu identifizieren, deren Nukleotid- oder Aminosäuresequenz so divergiert ist, dass sie von herkömmlichen Methoden nicht gefunden werden.