AG Jones - Computergestützte Virologie, Entdeckung neuartiger Viren, Palaeovirologie, Virusökologie, Computergestützte Virusdiagnostik

Sie befinden sich hier:

Forschungsschwerpunkt:

Unser Ziel ist es, computergestützte Methoden in der Virologie alltäglich zu machen. Ein guter Vergleich ist die Entwicklung der ersten Mikroskope: die Welt der Mikroben und Einzeller war unbekannt und unerwartet, bevor im 17. Jahrhundert das Mikroskop erfunden wurde. Das Mikroskop machte uns die Welt der Mikroben und Einzeller zugänglich, aber die Verfügbarkeit und technischen Kenntnisse entwickelten sich nur langsam. Dadurch, dass Sequenzieren wie auch Computerleistung billiger und einfacher verfügbar geworden sind, sind wir in der Virologie heute in einer ähnlichen Situation. Computer-Algorithmen können als eine Art Datenmikroskop verwendet werden. Die verfügbaren Datenmengen übersteigen die Anzahl Personen mit Programmierkentnissen, die in der Biologie arbeiten, bei weitem. Wir erwarten, dass die Virologen der Zukunft sowohl fundierte Labor- wie auch Programmierkenntnisse haben werden. Unsere Gruppe ist fokussiert darauf, die Anwendung von computergestützten Methoden in der Virologie und dem Institut für Virologie, voranzutreiben.

Unser Forschungsschwerpunkt ist die Suche nach Viren in Next-Generation Sequenzdaten. Wir fanden das Hepatitis B Virus und das Parvovirus B19 in alten Sequenzdaten von Menschen, die vor Jahrtausenden in Eurasien gelebt haben. Wir sequenzieren und analysieren die Sammlung von Proben, die Forscher des Instituts für Virologie und deren Partner in über 15 Jahren zusammengetragen haben, sowie Patientenproben von der Charité - Universitätsmedizin Berlin, in Zusammenarbeit mit Labor Berlin. Zudem arbeiten wir am Design und der Programmierung eines Algorithmuses zur Virenidentifikation basierend auf Protein-Sekundärstrukturen. Dies sollte es uns in Zukunft ermöglichen, Viren zu identifizieren, deren Nukleotid- oder Aminosäuresequenz so divergiert ist, dass sie von herkömmlichen Methoden nicht gefunden werden.

Mitarbeitende

Barbara Mühlemann

Ich untersuche die Evolution von Viren anhand von ancient DNA.

Sofia Paraskevopoulou

Meine Arbeit fokusiert sich auf Computermodelle für Sequenzanalysen. Die Analysen werden bei der in silico Identifizierung von bislang unbekannten RNA-Viren in Insekten und Säugetieren eingesetzt, um zum Verständnis der Virusentwicklung beizutragen.

Talitha Veith

Ich arbeite an der Entdeckung neuer Viren und der Erforschung der Virusdiversität in Säugetieren, insbesondere Menschen, Fledermäusen und Primaten, mit der Hilfe von High Throughput Sequenzier Methoden.

Jörn Beheim-Schwarzbach

Ich unterstütze die AG Jones als Technischer Assistent (TA).

Kooperationen

  • Prof. Derek Smith, Universät Cambridge.
  • Prof. Eske Willerslev, Lundbeck Zentrum für GeoGenetics in Kopenhagen und Universität Cambridge.
  • Prof. Ron Fouchier, Erasmus Medical Centre, Rotterdam.
  • Prof. Peter Simmonds, Nuffield Department für Medizin, Universität Oxford.
  • Prof. Dieter Glebe, Justus-Liebig Universität Giessen.
  • Berliner Medizinhistorisches Museum der Charité.

Wissenschaftliche Publikationen

Eine aktuelle Liste aller Veröffentlichungen finden Sie unter Google Scholar.

Ausgewählte Publikationen

Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period. https://www.nature.com/articles/s41586-018-0097-z

Ancient human parvovirus B19 in Eurasia reveals its long-term association with humans. https://www.pnas.org/content/115/29/7557.short